Nu använder jag iofs lyckligtvis inte Matlab, men när jag tänker "små command-line tools" och "smidigt" är inte direkt c++ min nästa tanke. Snarare något klassiskt scriptspråk, typ Python, Ruby, Perl, Bash, eller i värsta fall PHP.
Med det sagt, arkitekturfel/linker errors i OSX är satan. Och av min begränsade erfarenhet brukar det vara att något standardlib inte vill spela med. Du felsöker kompilatorn lika mycket som din kod, typ... jag hade också varit allvarligt sugen på att installera om allt.